Quand les jours raccourcissent et que les températures baissent, notre alimentation se transforme naturellement. L’automne apporte une variété exceptionnelle de fruits et légumes riches en fibres, parfaits pour soutenir notre microbiote intestinal. Cette saison est une période stratégique : elle prépare notre organisme à affronter l’hiver, renforce notre immunité et nourrit nos bactéries intestinales grâce à des aliments de saison particulièrement intéressants.
Les fibres : carburant indispensable du microbiote

Contrairement aux glucides ou aux protéines, les fibres ne sont pas digérées par notre intestin grêle. Elles arrivent intactes dans le côlon où elles deviennent la nourriture préférée des bactéries bénéfiques. En fermentant ces fibres, le microbiote produit des acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate, l’acétate et le propionate.
Ces AGCC ont des effets prouvés :
•ils renforcent la barrière intestinale, limitant les inflammations chroniques ;
•ils nourrissent directement les cellules du côlon ;
•ils participent à la régulation de la glycémie et de la satiété ;
•ils influencent même notre système nerveux via l’axe intestin-cerveau (Koh et al., Cell, 2016).
Sans fibres suffisantes, le microbiote s’appauvrit, entraînant un déséquilibre (dysbiose) lié à des troubles digestifs, métaboliques ou immunitaires (Holscher, Adv Nutr, 2017).
Pourquoi l’automne est-il une saison clé pour les fibres ?
1.Une abondance de légumes riches en fibres
L’automne est la saison des légumes racines, des courges et des crucifères. Ces aliments fournissent une variété de fibres solubles et insolubles, essentielles à la diversité bactérienne.
2.Des fruits adaptés aux besoins de la saison
Pommes, poires, raisins, coings… Tous sont riches en fibres solubles (pectine) qui aident à réguler la glycémie et soutiennent la satiété.
3.Un moment stratégique pour l’immunité
À l’entrée dans l’hiver, notre système immunitaire a besoin d’un soutien renforcé. Or, une flore intestinale bien nourrie par les fibres joue un rôle clé dans la modulation de la réponse immunitaire (Lindsay et al., Front Immunol, 2021).
4.Un retour aux plats réconfortants
Soupes, gratins, compotes et plats mijotés sont de saison, et ce sont des préparations qui facilitent la consommation quotidienne de légumes et de fruits riches en fibres.
Les meilleurs aliments de l’automne pour nourrir ton microbiote
🥕 Les légumes racines
•Carottes, panais, betteraves, céleri-rave : riches en fibres insolubles, elles favorisent un bon transit.
•Leur apport en polyphénols soutient aussi les bactéries bénéfiques, créant un effet synbiotique (fibres + antioxydants).

•Potiron, butternut, potimarron, pâtisson : très riches en fibres douces, elles sont particulièrement bien tolérées.
•Elles apportent également du bêta-carotène, un antioxydant qui protège les muqueuses intestinales.
🥦 Les choux et crucifères
•Brocoli, chou-fleur, chou de Bruxelles, chou kale : fibres insolubles + composés bioactifs (glucosinolates) qui favorisent une flore diversifiée.
•Ils contiennent aussi du sulforaphane, étudié pour ses effets protecteurs contre certaines maladies inflammatoires.
🍎 Les fruits d’automne
•Pommes et poires : sources majeures de pectine, une fibre soluble qui nourrit particulièrement les bactéries productrices de butyrate.
•Raisins : fibres insolubles + polyphénols (notamment le resvératrol) qui agissent comme modulateurs du microbiote.
•Coings : souvent utilisés en compote, ils apportent une bonne dose de fibres douces et bien tolérées.
🌰 Les oléagineux
•Noix, noisettes, amandes : riches en fibres mais aussi en acides gras insaturés. Ils améliorent la diversité bactérienne et renforcent la satiété.
•Une étude (Holmes et al., Am J Clin Nutr, 2018) a montré que la consommation régulière de noix augmentait la présence de bactéries bénéfiques comme Faecalibacterium prausnitzii.
Comment intégrer les fibres d’automne au quotidien ?
• Commencer la journée avec des fruits de saison : une pomme croquée entière (peau comprise) apporte déjà 4 g de fibres.
• Miser sur les soupes et veloutés : potimarron, carottes, poireaux… simples, digestes et riches en fibres.
• Introduire des légumineuses dans les plats mijotés d’automne (lentilles corail, pois chiches dans un curry de courge).
• Grignoter intelligent : une poignée de noix ou de noisettes en collation.
• Associer fibres + fermentation : choux fermentés (choucroute, kimchi) qui combinent fibres et probiotiques.
Zoom scientifique : fibres d’automne et santé immunitaire

Une étude par Trompette et al. (Nat Commun, 2018) a montré que les AGCC issus de la fermentation des fibres renforcent la réponse immunitaire face aux infections respiratoires. En clair : manger des fibres à l’automne ne se limite pas à protéger ton transit, cela pourrait aussi aider ton organisme à mieux se défendre en hiver.
L’automne est la saison idéale pour chouchouter ton microbiote. Les fruits et légumes de cette période sont naturellement riches en fibres variées, parfaitement adaptées aux besoins de notre organisme avant l’hiver. Pommes, poires, courges, choux, légumes racines et noix apportent la diversité nécessaire pour stimuler les bactéries bénéfiques et renforcer nos défenses immunitaires.
Adopter une alimentation de saison, c’est donc non seulement un geste écologique et économique, mais aussi un moyen concret de nourrir ton microbiote et de prendre soin de ta santé globale.
📚 Références :
•Koh A et al. “From dietary fiber to host physiology: short-chain fatty acids as key bacterial metabolites.” Cell (2016).
•Holscher HD. “Dietary fiber and prebiotics and the gastrointestinal microbiota.” Adv Nutr (2017).
•Lindsay E et al. “Dietary modulation of the gut microbiota and immune system: a focus on short-chain fatty acids.” Front Immunol (2021).
•Holmes AJ et al. “Dietary walnuts alter lipid metabolism and increase beneficial bacteria in the gut.” Am J Clin Nutr (2018).
•Trompette A et al. “Gut microbiota metabolism of dietary fiber influences allergic airway disease and hematopoiesis.” Nat Commun (2018).